Funde und historische Quellen dokumentieren die Besiedlung Zaisenhausens von der Jungsteinzeit bis in die Gegenwart.
Die Gemarkung von Zaisenhausen ist seit der Jungsteinzeit besiedelt. Archäologische Funde aus der Zeit der Bandkeramiker sowie aus nachfolgenden frühbäuerlichen Kulturen belegen die frühe Nutzung des Gebietes. Für die Römerzeit ist eine Villa Rustica im Gewann Hesselsee nachgewiesen.
Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes stammt aus dem Jahr 991. Im Güterverzeichnis des Abts Edelin aus dem Kloster Weißenburg im heutigen Nordelsass wird Zaisenhausen unter dem Namen Ceisenhusen genannt. Die Erwähnung steht im Zusammenhang mit dem Salischen Kirchenraub durch Herzog Otto von Worms.
Im Mittelalter war das Kloster Maulbronn der größte Grundherr und Inhaber der Ortsherrschaft. Der Übername „Esel“ für die Bevölkerung geht auf die Zugehörigkeit zum Maulbronner Zisterzienserkloster zurück. In dieser Zeit entwickelte sich Zaisenhausen zu einem Reihendorf, das durch zwei Dorftore geschützt war. Außerhalb des Dorfes lag im Gewann Hofrecht, in der Nähe des heutigen Friedhofs, ein befestigter Weiler mit eigener Kirche.
Nach der Reformation gehörte der Ort zu Württemberg. Im Jahr 1747 kam Zaisenhausen zur Kurpfalz. 1803 wurde das Dorf badisch.
Bis 1973 war Zaisenhausen Teil des Landkreises Sinsheim. Nach dessen Auflösung wurde die Gemeinde dem Landkreis Karlsruhe zugeordnet und ist heute die kleinste selbständige Gemeinde dieses Landkreises.
Als Wahrzeichen gilt die doppeltürmige evangelische Kirche „Zu unserer lieben Frau“. Das Gebäude wurde 1836 nach Plänen von Heinrich Hübsch errichtet und wird auch als „Dom des Kraichgaus“ bezeichnet.
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